2009年，經國家教育部批準，清華大學整合醫(yī)學、生物、工程、化學等多學科優(yōu)勢，設立藥學本科學位授予點，并在此基礎上招收“醫(yī)學藥學實驗班”，旨在培養(yǎng)藥學領域高端人才，滿足國家戰(zhàn)略需求；2012年1月，經校務會議討論，決定成立清華大學藥學系，英文名稱DepartmentofPharmacologyandPharmaceuticalSciences，并于同年11月舉辦了建系儀式，由劉剛教授擔任系主任；為更好地滿足藥學學科發(fā)展需求，為早日實現(xiàn)建設世界一流、一流前列、頂尖大學的目標同步貢獻力量，經校務會議討論，決定成立清華大學藥學院，英文名稱SchoolofPharmaceuticalSciences，英文縮寫SPS。2015年12月25日，藥學院正式成立。2015年12月至2022年6月，由丁勝教授擔任首任院長；2022年7月起，由錢鋒教授擔任院長。
清華大學藥學院建院時間雖短，但高屋建瓴，面向國家重大戰(zhàn)略需求，充分利用后發(fā)優(yōu)勢，定位轉化特色，圍繞藥學關鍵生物問題、藥學關鍵技術研究以及疾病研究與靶向治療三個方向，開展隊伍建設、人才培養(yǎng)、科學研究、平臺建設、對外合作等工作，藥學學科建設取得長足進步，創(chuàng)新能力全面提升、重大成果持續(xù)涌現(xiàn)。
隊伍建設方面，藥學院共有在職教師38人，其中教研系列33人、教學系列1人、研究系列4人。近80％教研系列教師入選國家高層次人才項目、國家高層次人才青年項目，形成由戰(zhàn)略科學家、一流科技創(chuàng)新領軍人才、卓越青年人才組成的人才梯隊，成為最堅定的隊伍核心。另，學院有在站博士后82人，作為科研骨干，成為最堅實的隊伍支撐。
人才培養(yǎng)方面，藥學院目前全日制在讀學生共計376人，其中本科生100人、碩士研究生2人、博士研究生274人。清華大學藥學院每年通過全國高考以及清華大學強基計劃擇優(yōu)錄取本科生，同時通過本、外校推薦免試以及全國統(tǒng)招的方式擇優(yōu)錄取研究生，生源優(yōu)秀。2022年7月，藥學一級學科博士學位授權點正式設立，標志著清華大學形成藥學本、碩、博一體化教育教學體系，人才培養(yǎng)邁入新的歷史階段。
科學研究方面，藥學院充分發(fā)揮了基礎研究的主力軍和重大科技突破的策源地作用，不斷強化藥學基礎研究，持續(xù)攻堅藥學關鍵核心技術、加速應用新興科技，突破成果轉化瓶頸。眾多原始創(chuàng)新、核心技術積累，已顯示出強大的應用價值，有望短期內實現(xiàn)有組織的、建制化的、規(guī)模化的藥學創(chuàng)新成果轉化，抓住歷史機遇，在邁進制藥強國征程中，乘勢而上，進一步強化引領作用，提升國際影響力和競爭力。
平臺建設方面，藥學院致力于構建可推進高效、系統(tǒng)化轉化的共享平臺。已建平臺包括新靶點發(fā)現(xiàn)子平臺、高通量篩選子平臺、計算機輔助藥物設計子平臺、藥物制劑子平臺等。目前已面向校內及校外高校與研究所，開放了首個由專業(yè)團隊管理和運營的，以藥物發(fā)現(xiàn)、篩選和評價為核心的公共服務平臺——藥學技術中心，成為藥物研究與發(fā)現(xiàn)的重要支撐。
對外合作方面，藥學院始終以開放的姿態(tài)，探索多元聯(lián)動合作模式。與美國、澳洲等地在內的高校、研究所、企業(yè)保持著多種模式的人才培養(yǎng)合作；與包括先聲藥業(yè)、渤健、強生、拜耳、百時美施貴寶等在內的國內外行業(yè)頂尖企業(yè)保持著科學研究、成果轉化等各方面多形式的深度互動。
立足“兩個大局”、心懷“國之大者”、把高質量發(fā)展貫穿在各項工作之中，是清華大學的時代選擇。高質量發(fā)展藥學學科，是清華大學藥學院的使命。藥學院將圍繞“高質量”，繼續(xù)堅定發(fā)展。期望到2030年，在服務國家戰(zhàn)略能力上更加突出，在國際學術領域的地位和影響力顯著提升，治理體系更加成熟完善，形成具有中國特色、清華風格的藥學學科體系，聯(lián)動健康學科群交叉融合，推動醫(yī)藥創(chuàng)新高地建設，為制藥強國戰(zhàn)略、人類健康共同體建設貢獻清華智慧。