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黔東南州民族醫(yī)藥研究院（2012年研究所改為研究院）成立于1984年4月，現(xiàn)建有黔東南州苗族侗族藥物標(biāo)本館，公益性二級甲等苗醫(yī)醫(yī)院，苗侗藥物研究實驗室及醫(yī)院制劑室，是集苗族侗族醫(yī)藥基礎(chǔ)及應(yīng)用研究、臨床、開發(fā)、教學(xué)為一體的事業(yè)單位。
是第二批國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)名錄苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥項目省級保護單位、貴州省科普教育基地、省級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)生產(chǎn)性保護基地、黔東南州青少年科技教育基地、黔東南州非物質(zhì)文化遺產(chǎn)生產(chǎn)性保護基地、黔東南州非物質(zhì)文化遺產(chǎn)保護傳承教育示范基地。
其附屬苗醫(yī)醫(yī)院，是國家中醫(yī)院管理局第二批重點民族醫(yī)醫(yī)院建設(shè)單位（2015年通過評審），是目前國內(nèi)唯一的公立、公益的“二甲”苗醫(yī)醫(yī)院。醫(yī)院設(shè)有省級重點專科針灸科、風(fēng)濕病科，州級重點�？破つw病科，老年病科、脾胃病科、民醫(yī)堂、治未病科等科室，開設(shè)病床105張。堅持“以人為本”，發(fā)揮苗族侗族醫(yī)藥的治療優(yōu)勢及苗侗醫(yī)藥與中西醫(yī)結(jié)合的治療優(yōu)勢，持續(xù)提高苗侗醫(yī)藥的臨床診療與科研水平，適應(yīng)社會日益增長的民族醫(yī)藥服務(wù)需求，為人民群眾的身心健康服好務(wù)、做好事、做實事。2013年治未病?康復(fù)科被評為國家中醫(yī)藥管理局“中醫(yī)院預(yù)防保健及康復(fù)服務(wù)能力”項目建設(shè)單位。2017年，我院參與貴州省中醫(yī)藥管理局通知要求的“貴州省苗醫(yī)藥服務(wù)技術(shù)”申報工作，牽頭編訂了“苗醫(yī)熥藥療法”、“苗藥水煮罐療法”、“苗醫(yī)抹酒火療法”3項技術(shù)操作規(guī)范；2018年5月，我院被列為苗醫(yī)診療項目省內(nèi)試點醫(yī)療機構(gòu)。
我院針灸科做為省級重點�？�，致力于頸腰腿疾病與慢性、運動性軟組織損傷等疾病研究，在運用民族醫(yī)藥、中醫(yī)藥、現(xiàn)代診療技術(shù)等綜合治療上述疾病方面取得了顯著成效。皮膚科做為州級重點�？浦铝τ谶\用中醫(yī)、民族醫(yī)獨特診療優(yōu)勢，結(jié)合西醫(yī)治療各類疑難皮膚病及皮膚美容。省級重點�？骑L(fēng)濕病科運用傳統(tǒng)中醫(yī)藥、民族醫(yī)藥獨特優(yōu)勢結(jié)合現(xiàn)代診療設(shè)備治療類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、脊柱關(guān)節(jié)病、骨關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎、高尿酸血癥、痛風(fēng)、纖維肌痛綜合征、關(guān)節(jié)滑膜增生性疾病等。治未病科2014年經(jīng)國家中管局省中管局審核被評定為國家“中醫(yī)藥預(yù)防保健與康復(fù)服務(wù)能力建設(shè)項目”試點；主要服務(wù)對象為亞健康人群和慢病患者，發(fā)揮中醫(yī)藥、民族醫(yī)藥特色優(yōu)勢，配置有中醫(yī)五指經(jīng)絡(luò)檢測儀，開展了特色醫(yī)療技術(shù)項目20余種。
醫(yī)院始終堅持“以病人為中心，全心全意為人民健康服務(wù)”的宗旨，發(fā)揮苗族侗族醫(yī)藥的治療優(yōu)勢及苗侗醫(yī)藥與中西醫(yī)結(jié)合的治療優(yōu)勢，為傷病員服務(wù)，為提高苗醫(yī)侗藥的臨床水平、科學(xué)水平、為適應(yīng)人們增長的民族醫(yī)藥需求服務(wù)，得到了社會的認(rèn)可和病員的好評，取得了較好的社會效益和理想的經(jīng)濟效益。在苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥醫(yī)療服務(wù)和文化傳播方面取得了較好的社會效益和理想的經(jīng)濟效益，為黔東南州、貴州省在國內(nèi)贏得苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥的話語權(quán)做出了不可忽視的貢獻。