南京市中醫(yī)院（南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬南京中醫(yī)院、南京市中醫(yī)院互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)院、南京市體育醫(yī)院）成立于1956年，現(xiàn)有2個(gè)院區(qū)：大明路院區(qū)、夫子廟院區(qū)；3個(gè)分院（緊密型醫(yī)聯(lián)體）：浦口分院（南京市浦口區(qū)中醫(yī)院）、高淳分院（南京市高淳中醫(yī)院）、濱海分院（鹽城市濱?？h中醫(yī)院）?，F(xiàn)占地面積92畝，建筑面積31.1萬㎡，編制床位1575張，現(xiàn)在職職工1917人，其中衛(wèi)技人員1723人，高級職稱488人，碩博士490人。
南京市中醫(yī)院是新中國成立最早的中醫(yī)醫(yī)院之一，傳承金陵醫(yī)派，發(fā)展到現(xiàn)在已是一所中醫(yī)特色突出，現(xiàn)代醫(yī)技科室設(shè)置完善，急診急救水平過硬的現(xiàn)代化大型三級甲等中醫(yī)醫(yī)院。2018年成為南京市人民政府與南京中醫(yī)藥大學(xué)共建直屬型附屬醫(yī)院，是全國肛腸醫(yī)療中心、國家級區(qū)域診療中心，現(xiàn)有國家級重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)肛腸病學(xué)），國家級重點(diǎn)?？?個(gè)；江蘇省重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)腦病學(xué)），江蘇省重點(diǎn)專科12個(gè)；南京市重點(diǎn)專科19個(gè)。醫(yī)院有全國中醫(yī)師承指導(dǎo)老師6人，省、市級名中醫(yī)、名中西醫(yī)結(jié)合專家67人；設(shè)有國醫(yī)大師工作站4個(gè)、國家級名中醫(yī)工作室10個(gè)、省級名中醫(yī)工作室6個(gè)、市級名中醫(yī)工作室27個(gè)、國家及省級名中醫(yī)工作室基層工作站4個(gè)、市級名中醫(yī)工作室基層工作站24個(gè)。設(shè)立顧曉松院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地、南京市中醫(yī)藥現(xiàn)代化與大數(shù)據(jù)研究中心、南京市中醫(yī)藥轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)基地、南京市普外科臨床醫(yī)學(xué)中心、南京市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、南京市臨床生物資源樣本庫等。
醫(yī)院擁有院內(nèi)自制制劑122種。擁有國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性項(xiàng)目：丁氏痔科醫(yī)術(shù)；江蘇省非物質(zhì)文化遺產(chǎn)項(xiàng)目：“洪氏眼科”“金陵中醫(yī)推拿術(shù)”；與多名國醫(yī)大師、國醫(yī)名師達(dá)成合作協(xié)議；融入“一帶一路”戰(zhàn)略部署，與美國、比利時(shí)等多所大學(xué)開展院校間科研、教學(xué)、人才培養(yǎng)全面合作；與白俄羅斯莫吉廖夫市中心醫(yī)院合作設(shè)立“中國—白俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)中心”，提供中醫(yī)診療服務(wù)，傳播中醫(yī)文化；在全國率先創(chuàng)立多專業(yè)一體化診療平臺，并作為典范向全國推廣建設(shè)經(jīng)驗(yàn)。
2021年，醫(yī)院榮登中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)“2021年度中醫(yī)醫(yī)院學(xué)科（?？疲W(xué)術(shù)影響力”中醫(yī)肛腸病學(xué)全國排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評為“2021屆中國中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型?？啤?。獲批1個(gè)省級臨床醫(yī)學(xué)中心——“江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學(xué)創(chuàng)新中心”，獲批2個(gè)市級臨床研究中心——南京市中西醫(yī)結(jié)合疫病研究中心、南京市中西醫(yī)結(jié)合心血管病研究中心。2022年6月醫(yī)院獲評“中國最美醫(yī)院”殊榮。